Les diatomees són algues microscòpiques que viuen sobre substrats submergits (substrats durs, vegetació aquàtica, sediment). L’interès del seu estudi rau principalment en el seu valor indicador, així com a la seva importància relativa dins de la comunitat algal en rius (representen el 80% de les algues fluvials) i, en el cas dels llacs, al seu abundància, riquesa de espècies i conservació de les seves valves en el sediment.

L’estudi de les diatomees permet avaluar l’estat de les aigües i determinar principalment pressions fisicoquímiques. Aquests organismes s’han considerat tradicionalment com poc sensibles a les pressions hidromorfològiques (alteracions del règim hidrològic, continuïtat fluvial o condicions morfològiques del llit), però recents publicacions demostren la seva sensibilitat a aquest tipus de pressions, especialment als canvis en el règim hídric i en la concentració de sòlids en suspensió. L’ús de les diatomees com a indicadors de la qualitat de l’aigua és una pràctica habitual en molts països europeus i als EUA, i existeix abundant bibliografia sobre la seva capacitat bioindicadora.

Es consideren útils per a la detecció i seguiment de les pressions fisicoquímiques degudes a:

• Eutròfia (canvis en la concentració de nutrients, principalment P i N)
• Increments de matèria orgànica
• Salinitat
• Acidificació