El fitoplàncton s’ha convertit en un dels bioindicadors més importants, especialment en llacs i embassaments, ja que és l’element de qualitat que primer i més ràpidament es veu afectat per tota mena de factors. Els microorganismes que constitueixen el fitoplàncton són principalment fotosintètics (algues microscòpiques, cianofícies, heteròtrofs flagel·lats, etc.) i viuen suspesos a l’aigua.

Tant l’abundància com la composició del fitoplàncton depenen de molt diversos factors, la qual cosa fa que sigui idoni per a la detecció i també per al seguiment de pressions tant fisicoquímiques com hidromorfològiques. Entre les primeres hi ha la eutrofització (indicador de l’estat tròfic de les masses d’aigua), els canvis en la mineralització de l’aigua i la contaminació, tant orgànica com la relacionada amb alteracions de la temperatura de l’aigua. Dins de les pressions hidromorfològiques a què és sensible el fitoplàncton estan aquelles que determinen canvis en la taxa de renovació de les masses d’aigua.

Un grup important de fitoplàncton és el de les cianofícies. Alguns tàxons d’aquest grup poden produir toxines, i en determinades circumstàncies proliferen ràpidament (bloom algal) i poden provocar un empitjorament de la qualitat de l’aigua i, en darrer terme, conseqüències en la salut tant dels organismes aquàtics com de les persones.

En l’estudi i seguiment del fitoplàncton s’utilitzen diversos mètodes i mètriques, des inventaris de tàxons i comunitats fins diferents índexs més o menys complexos, passant per l’anàlisi de pigments (com la clorofil·la “a”) i la determinació de l’abundància i el biovolum.